#!/usr/bin/env python

if __name__ == '__main__':
	import argparse
	import sys
	import uniprot_mapper as mapper

	parser = argparse.ArgumentParser(description='retrieve uniprot mapping')
	parser.add_argument('f', help='from')
	parser.add_argument('t', help='to')
	parser.add_argument('inp', nargs='?', type=argparse.FileType('r'),
			default=sys.stdin, help='input file (default: stdin)')
	parser.add_argument('out', nargs='?', type=argparse.FileType('w'),
			default=sys.stdout, help='output file (default: stdout)')
	parser.add_argument('--format', default='tab', help='output format')
	
	args = parser.parse_args()

	query = args.inp.read()
	args.out.write(mapper.map(query, args.f, args.t))
