# RA, 2020-06-17

Stop1 = "X"

# https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code#Standard_codon_tables
rna_codons = {
    # (Phe/F) Phenylalanine
    'UUU': "F",
    'UUC': "F",

    # (Leu/L) Leucine
    'UUA': "L",
    'UUG': "L",
    'CUU': "L",
    'CUC': "L",
    'CUA': "L",
    'CUG': "L",

    # (Ile/I) Isoleucine
    'AUU': "I",
    'AUC': "I",
    'AUA': "I",

    # (Met/M) Methionine
    'AUG': "M",

    # (Val/V) Valine
    'GUU': "V",
    'GUC': "V",
    'GUA': "V",
    'GUG': "V",

    # (Ser/S) Serine
    'UCU': "S",
    'UCC': "S",
    'UCA': "S",
    'UCG': "S",

    # (Pro/P) Proline
    'CCU': "P",
    'CCC': "P",
    'CCA': "P",
    'CCG': "P",

    # (Thr/T) Threonine
    'ACU': "T",
    'ACC': "T",
    'ACA': "T",
    'ACG': "T",

    # (Ala/A) Alanine
    'GCU': "A",
    'GCC': "A",
    'GCA': "A",
    'GCG': "A",

    # (Tyr/Y) Tyrosine
    'UAU': "Y",
    'UAC': "Y",

    # Stop (Ochre)
    'UAA': Stop1,

    # Stop (Amber)
    'UAG': Stop1,

    # Stop (Opal)
    'UGA': Stop1,

    # (His/H) Histidine
    'CAU': "H",
    'CAC': "H",

    # (Gln/Q) Glutamine
    'CAA': "Q",
    'CAG': "Q",

    # (Asn/N) Asparagine
    'AAU': "N",
    'AAC': "N",

    # (Lys/K) Lysine
    'AAA': "K",
    'AAG': "K",

    # (Asp/D) Aspartic acid
    'GAU': "D",
    'GAC': "D",

    # (Glu/E) Glutamic acid
    'GAA': "E",
    'GAG': "E",

    # (Cys/C) Cysteine
    'UGU': "C",
    'UGC': "C",

    # (Trp/W) Tryptophan
    'UGG': "W",

    # (Arg/R) Arginine
    'CGU': "R",
    'CGC': "R",
    'CGA': "R",
    'CGG': "R",
    'AGA': "R",
    'AGG': "R",

    # (Ser/S) Serine
    'AGU': "S",
    'AGC': "S",

    # (Gly/G) Glycine
    'GGU': "G",
    'GGC': "G",
    'GGA': "G",
    'GGG': "G",
}
