{"CD4 Activated": ["TNFRSF10B", "TNFRSF10C", "TNFRSF10D", "TNFRSF11A", "TNFRSF12A", "TNFRSF13B", "TNFRSF13C", "TNFRSF14", "TNFRSF17", "TNFRSF18", "TNFRSF19", "TNFRSF1A", "TNFRSF1B", "TNFRSF21", "TNFRSF25", "TNFRSF4", "TNFRSF6B", "TNFRSF8", "TNFRSF9"], "CD4 Cytotoxicity": ["PRF1", "GZMA", "GZMB", "GZMH", "GNLY", "FGFBP2", "GZMK", "GZMM", "NKG7", "IFNG", "CTSW", "CST7"], "CD4 Cytotoxicity Proliferation": ["CCNB1", "HMGB2", "IL23A", "TNFRSF4", "FGFBP2", "NKG7", "CCND1", "SLAMF1", "RIPK2", "STAT5B", "AGER", "CTSW", "IL2", "IGF1", "EBI3", "BAX", "GZMH", "CD86", "GZMK", "TNFSF4", "PTPRC", "GZMA", "CD24", "MKI67", "CST7", "TOP2A", "CD40LG", "GZMB", "PRF1", "IL18", "SYK", "IGFBP2", "TNFSF9", "CCL5", "IFNG", "GZMM", "HMGB1", "ABL1", "IL4", "GNLY"], "CD4 Proliferation": ["BAX", "CCND1", "CCNB1", "HMGB2", "IGFBP2", "MKI67", "TOP2A", "CD24", "IGF1", "PTPRC", "ABL1", "CD40LG", "RIPK2", "EBI3", "IL2", "IL23A", "IL4", "CD86", "SLAMF1", "TNFSF4", "TNFSF9", "IL18", "SYK", "STAT5B", "TNFRSF4", "HMGB1", "AGER", "CCL5"], "CD4 Senescence": ["CDKN2B", "KLRK1", "IFNA1", "ATM", "TAB1", "TSC2", "MAPK8", "MAP3K5", "TP53", "IFNA2", "IFNAR2", "MAPK9", "TERF2", "IFNAR1", "CDKN2A", "CDKN1A", "MAPK14"], "CD4 Tcm": ["KLF2", "TRADD", "ICAM2", "PTGER2", "GPR183", "LTB", "S100A10", "FLT3LG", "SORL1"], "CD4 Tem": ["GZMK", "GZMA", "KLRB1", "CCL5", "CCL4", "CST7", "EOMES", "ITM2C", "CD4", "F2R", "IFNG"], "CD4 Tem Cytotoxicity": ["F2R", "FGFBP2", "NKG7", "CTSW", "GZMH", "GZMK", "GZMA", "CST7", "CCL4", "PRF1", "GZMB", "CCL5", "IFNG", "GZMM", "EOMES", "ITM2C", "CD4", "KLRB1", "GNLY"], "CD4 Temra": ["PLEK", "NKG7", "GZMH", "FGFBP2", "GNLY", "PRF1", "CX3CR1", "S1PR5", "CTSW"], "CD4 Tex": ["TNFRSF18", "CTLA4", "RGS1", "DUSP4", "PDCD1", "TIGIT", "SRGN", "CXCL13", "GAPDH", "DNPH1"], "CD4 Tfh": ["CXCR5", "PDCD1", "TNFSF8", "IL6ST", "TOX2", "TOX", "CXCL13", "NR3C1", "IL21"], "CD4 Th1": ["IFNG", "CCL4", "CCL5", "ID2", "CXCL13", "DUSP2", "HAVCR2", "PDE7B", "PDCD1", "GZMA", "ZBED2", "MYO7A", "GZMB", "BHLHE40", "RBPJ"], "CD4 Th17": ["KLRB1", "CCR6", "CAPG", "CCL20", "IL7R", "RORA", "IL4I1", "ANXA1", "CXCR6", "ANKRD28", "CEBPD", "IL23R", "TNFSF13B", "MGAT4A", "RORC", "CTSH", "CD40LG"], "CD4 Tisg": ["IFITM3", "IFITM2", "IFNAR2", "IFNGR1", "IRF1", "IRF7", "JAK1", "JAK2", "OAS1", "OAS2", "OAS3", "PARP14", "IFIH1", "STAT1", "STAT2", "PARP9", "IFITM1", "ISG15"], "CD4 Tisg Activated": ["IFITM3", "TNFRSF17", "TNFRSF6B", "TNFRSF4", "TNFRSF13B", "IRF7", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "TNFRSF18", "IFNGR1", "TNFRSF13C", "TNFRSF21", "TNFRSF19", "TNFRSF10D", "TNFRSF11A", "TNFRSF1B", "IFITM2", "TNFRSF1A", "JAK2", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "PARP9", "OAS3", "TNFRSF12A", "TNFRSF14", "TNFRSF25", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "TNFRSF10B", "PARP14", "IRF1", "TNFRSF8", "TNFRSF9", "TNFRSF10C"], "CD4 Tisg Cytotoxicity": ["IFITM3", "FGFBP2", "NKG7", "IRF7", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "CTSW", "IFNGR1", "GZMH", "GZMK", "GZMA", "IFITM2", "JAK2", "CST7", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "PRF1", "GZMB", "PARP9", "OAS3", "IFNG", "GZMM", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "PARP14", "IRF1", "GNLY"], "CD4 Tisg Naive-Like": ["IFITM3", "TNFRSF17", "TNFRSF6B", "TNFRSF4", "TNFRSF13B", "IRF7", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "TNFRSF18", "IFNGR1", "TNFRSF13C", "TNFRSF21", "TNFRSF19", "TNFRSF10D", "TNFRSF11A", "TNFRSF1B", "IFITM2", "TNFRSF1A", "JAK2", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "PARP9", "OAS3", "TNFRSF12A", "TNFRSF14", "TNFRSF25", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "TNFRSF10B", "PARP14", "IRF1", "TNFRSF8", "TNFRSF9", "TNFRSF10C"], "CD4 Tisg Regulating": ["IFITM3", "FOXP3", "CTLA4", "IRF7", "IKZF4", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "IFNGR1", "LAG3", "IL10RA", "TIGIT", "IFITM2", "JAK2", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "ICOS", "IKZF2", "ENTPD1", "PARP9", "OAS3", "CCR4", "HAVCR2", "IL2RA", "PDCD1", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "PARP14", "IRF1", "TGFB1"], "CD4 Tisg Senescence": ["TAB1", "IFITM3", "TERF2", "MAP3K5", "IRF7", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "MAPK14", "IFNAR1", "IFNGR1", "ATM", "IFITM2", "JAK2", "CDKN1A", "IFNA2", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "CDKN2B", "MAPK9", "CDKN2A", "MAPK8", "PARP9", "OAS3", "KLRK1", "TP53", "TSC2", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "PARP14", "IRF1", "IFNA1"], "CD4 Tn": ["CCR7", "SELL", "TCF7", "LEF1", "IL7R"], "CD4 Tn Adhesion": ["ITGA9", "ITGB1", "ITGA4", "TCF7", "ITGAM", "SELL", "ITGB7", "ITGAV", "IL7R", "ITGA8", "ITGB8", "ITGA1", "ITGAL", "ITGA6", "ITGB2", "LEF1", "CCR7"], "CD4 Tn IFN-Response": ["IFITM3", "IRF7", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "IFNGR1", "TCF7", "IFITM2", "JAK2", "LEF1", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "SELL", "IL7R", "PARP9", "OAS3", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "PARP14", "IRF1", "CCR7"], "CD4 Tn Quiescence": ["FOXO1", "TSC2", "TCF7", "SELL", "BTG1", "IL7R", "BTG2", "KLF2", "FOXP1", "TGFBR1", "TOB1", "TSC1", "LEF1", "VSIR", "CCR7", "RUNX1"], "CD4 Tn Regulating": ["FOXP3", "CTLA4", "IKZF4", "LAG3", "TCF7", "IL10RA", "TIGIT", "LEF1", "ICOS", "SELL", "IKZF2", "ENTPD1", "IL7R", "CCR4", "HAVCR2", "IL2RA", "PDCD1", "CCR7", "TGFB1"], "CD4 Treg": ["FOXP3", "CTLA4", "IL2RA", "IKZF2", "TNFRSF9", "TIGIT", "CCR8", "RTKN2", "BATF", "TNFRSF4", "IL32", "TNFRSF18", "RGS1", "CD74", "LAYN", "IL1R2", "DUSP4", "TBC1D4"], "CD4 Treg Activated": ["TNFRSF17", "TNFRSF6B", "FOXP3", "IL32", "IL1R2", "CTLA4", "RTKN2", "TNFRSF4", "TNFRSF13B", "TNFRSF18", "CD74", "TNFRSF13C", "TNFRSF21", "TNFRSF19", "TNFRSF10D", "BATF", "TIGIT", "RGS1", "TNFRSF11A", "TNFRSF1B", "TNFRSF1A", "TBC1D4", "DUSP4", "IKZF2", "CCR8", "LAYN", "TNFRSF12A", "TNFRSF14", "TNFRSF25", "IL2RA", "TNFRSF10B", "TNFRSF8", "TNFRSF9", "TNFRSF10C"], "CD4 Treg Cytotoxicity": ["FOXP3", "IL32", "IL1R2", "CTLA4", "RTKN2", "TNFRSF4", "FGFBP2", "NKG7", "TNFRSF18", "CTSW", "CD74", "GZMH", "GZMK", "BATF", "TIGIT", "RGS1", "GZMA", "CST7", "TBC1D4", "DUSP4", "PRF1", "GZMB", "IKZF2", "CCR8", "LAYN", "IFNG", "GZMM", "IL2RA", "TNFRSF9", "GNLY"], "CD4 Treg IFN-Response": ["IFITM3", "FOXP3", "IL32", "IL1R2", "CTLA4", "RTKN2", "TNFRSF4", "IRF7", "OAS1", "TNFRSF18", "IFIH1", "STAT2", "IFNGR1", "CD74", "BATF", "TIGIT", "RGS1", "IFITM2", "JAK2", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "TBC1D4", "DUSP4", "IKZF2", "PARP9", "CCR8", "OAS3", "LAYN", "IL2RA", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "PARP14", "IRF1", "TNFRSF9"], "CD4 Treg Naive-Like": ["FOXP3", "IL32", "IL1R2", "LTB", "CTLA4", "RTKN2", "TNFRSF4", "TNFRSF18", "CD74", "TCF7", "BATF", "TIGIT", "RGS1", "KLF3", "LEF1", "TBC1D4", "DUSP4", "ACTN1", "IKZF2", "SELL", "IL7R", "KLF2", "FOXP1", "CCR8", "TOB1", "LAYN", "BTG1", "FOXO1", "IL2RA", "BTG2", "TNFRSF9", "CCR7"], "CD4 Treg Stress-Response": ["FOXP3", "IL32", "IL1R2", "DNAJC2", "CTLA4", "BAG3", "RTKN2", "TNFRSF4", "MAPK3", "RPA2", "TNFRSF18", "CD74", "MAPK1", "HSPA8", "DNAJB1", "HSPA6", "ATM", "BATF", "TIGIT", "RGS1", "HSPA1A", "DNAJC7", "ATR", "SEH1L", "GSK3B", "HSPA5", "TBC1D4", "DUSP4", "MAPKAPK2", "RPA3", "IKZF2", "DNAJB6", "YWHAE", "NUP62", "CCR8", "LAYN", "HIKESHI", "IL2RA", "CCAR2", "HSF1", "RPA1", "TPR", "SIRT1", "TNFRSF9", "HSPA1B"], "CD4 Trm": ["ITGA1", "XCL1", "CCL5", "CAPG", "XCL2", "JUN", "CXCR3", "ID2", "CXCR6", "ZNF683", "CD8A", "GZMA", "CKLF", "JAML"], "CD4 Trm Cell-Death": ["XCL2", "UBC", "RIPK1", "UBB", "BCL2L11", "BIRC3", "TRAF2", "AKT1", "JAML", "BID", "XIAP", "CXCR6", "ID2", "CFLAR", "UBA52", "GZMA", "RIPK3", "ZNF683", "TNFRSF1A", "RPS27A", "TRADD", "CASP3", "CKLF", "MAPK8", "CD8A", "FAS", "ITGA1", "CXCR3", "JUN", "CCL5", "MAGED1", "CASP8", "FADD", "BIRC2", "XCL1", "FASLG", "TNFSF10", "TNFRSF10A", "TNFRSF10B", "YWHAE", "CAPG", "BAD"], "CD4 Trm Cytotoxicity": ["XCL2", "FGFBP2", "NKG7", "JAML", "CTSW", "CXCR6", "ID2", "GZMH", "GZMK", "GZMA", "ZNF683", "CST7", "CKLF", "GNLY", "CD8A", "PRF1", "GZMB", "ITGA1", "CXCR3", "JUN", "CCL5", "IFNG", "GZMM", "XCL1", "CAPG"], "CD4 Trm Exhaustion": ["XCL2", "NR4A1", "TOX", "TIM3", "CTLA4", "PRDM1", "JAML", "LAG3", "CXCR6", "ID2", "BATF", "GZMA", "TIGIT", "GATA3", "ZNF683", "CKLF", "CD8A", "ENTPD1", "PTPN11", "IRF4", "ITGA1", "CXCR3", "JUN", "CCL5", "LAYN", "HAVCR2", "EOMES", "XCL1", "PDCD1", "PTPN6", "PTPN2", "CAPG"], "CD4 Trm IFN-Response": ["IFITM3", "XCL2", "IRF7", "JAML", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "IFNGR1", "CXCR6", "ID2", "GZMA", "IFITM2", "ZNF683", "JAK2", "JAK1", "STAT1", "OAS2", "CKLF", "CD8A", "PARP9", "ITGA1", "CXCR3", "JUN", "CCL5", "OAS3", "XCL1", "IFNAR2", "IFITM1", "ISG15", "PARP14", "IRF1", "CAPG"], "CD4 Trm Naive-Like": ["XCL2", "LTB", "JAML", "CXCR6", "ID2", "TCF7", "GZMA", "KLF3", "ZNF683", "LEF1", "CKLF", "ACTN1", "CD8A", "SELL", "IL7R", "KLF2", "ITGA1", "CXCR3", "JUN", "FOXP1", "CCL5", "TOB1", "BTG1", "FOXO1", "XCL1", "BTG2", "CCR7", "CAPG"], "CD4 Trm Regulating": ["FOXP3", "XCL2", "CTLA4", "JAML", "IKZF4", "LAG3", "CXCR6", "ID2", "IL10RA", "GZMA", "TIGIT", "ZNF683", "CKLF", "CD8A", "ICOS", "IKZF2", "ENTPD1", "ITGA1", "CXCR3", "JUN", "CCL5", "CCR4", "HAVCR2", "IL2RA", "XCL1", "PDCD1", "CAPG", "TGFB1"], "CD4 Tstr": ["ATM", "ATR", "BAG3", "CCAR2", "DNAJB1", "DNAJB6", "DNAJC2", "DNAJC7", "GSK3B", "HIKESHI", "HSF1", "HSPA1A", "HSPA1B", "HSPA5", "HSPA6", "HSPA8", "MAPK1", "MAPK3", "MAPKAPK2", "NUP62", "RPA1", "RPA2", "RPA3", "SEH1L", "SIRT1", "TPR", "YWHAE"], "CD4 Tstr Cytotoxicity": ["DNAJC2", "BAG3", "MAPK3", "FGFBP2", "NKG7", "RPA2", "CTSW", "MAPK1", "HSPA8", "DNAJB1", "GZMH", "HSPA6", "ATM", "GZMK", "GZMA", "HSPA1A", "CST7", "DNAJC7", "ATR", "SEH1L", "GSK3B", "HSPA5", "PRF1", "MAPKAPK2", "RPA3", "DNAJB6", "YWHAE", "GZMB", "NUP62", "HIKESHI", "IFNG", "GZMM", "CCAR2", "HSF1", "RPA1", "TPR", "SIRT1", "HSPA1B", "GNLY"], "CD4 Tstr IFN-Response": ["IFITM3", "DNAJC2", "BAG3", "MAPK3", "RPA2", "IRF7", "OAS1", "IFIH1", "STAT2", "IFNGR1", "MAPK1", "HSPA8", "DNAJB1", "HSPA6", "ATM", "IFITM2", "HSPA1A", "JAK2", "DNAJC7", "ATR", "SEH1L", "JAK1", "OAS2", "GSK3B", "HSPA5", "STAT1", "MAPKAPK2", "RPA3", "DNAJB6", "YWHAE", "NUP62", "PARP9", "OAS3", "HIKESHI", "CCAR2", "IFNAR2", "HSF1", "IFITM1", "RPA1", "ISG15", "TPR", "IRF1", "SIRT1", "PARP14", "HSPA1B"], "CD4 Tstr Naive-Like": ["DNAJC2", "LTB", "BAG3", "MAPK3", "RPA2", "MAPK1", "HSPA8", "DNAJB1", "TCF7", "HSPA6", "ATM", "KLF3", "HSPA1A", "LEF1", "DNAJC7", "ATR", "SEH1L", "GSK3B", "HSPA5", "ACTN1", "MAPKAPK2", "RPA3", "DNAJB6", "YWHAE", "SELL", "NUP62", "IL7R", "KLF2", "FOXP1", "TOB1", "BTG1", "HIKESHI", "FOXO1", "CCAR2", "BTG2", "HSF1", "RPA1", "TPR", "SIRT1", "HSPA1B", "CCR7"], "CD4 Tstr Proliferation": ["CCNB1", "HMGB2", "IL23A", "DNAJC2", "BAG3", "TNFRSF4", "MAPK3", "SLAMF1", "CCND1", "RPA2", "RIPK2", "STAT5B", "AGER", "IL2", "MAPK1", "IGF1", "HSPA8", "EBI3", "BAX", "DNAJB1", "CD86", "HSPA6", "ATM", "TNFSF4", "PTPRC", "CD24", "HSPA1A", "MKI67", "DNAJC7", "ATR", "SEH1L", "TOP2A", "GSK3B", "HSPA5", "CD40LG", "MAPKAPK2", "RPA3", "DNAJB6", "YWHAE", "IL18", "NUP62", "SYK", "IGFBP2", "TNFSF9", "HIKESHI", "CCAR2", "HMGB1", "HSF1", "RPA1", "ABL1", "TPR", "IL4", "SIRT1", "HSPA1B", "CCL5"], "CD4 Tstr Regulating": ["FOXP3", "DNAJC2", "BAG3", "CTLA4", "MAPK3", "RPA2", "IKZF4", "LAG3", "MAPK1", "HSPA8", "DNAJB1", "HSPA6", "ATM", "IL10RA", "TIGIT", "HSPA1A", "DNAJC7", "ATR", "SEH1L", "GSK3B", "HSPA5", "MAPKAPK2", "RPA3", "DNAJB6", "YWHAE", "IKZF2", "NUP62", "ENTPD1", "ICOS", "CCR4", "HIKESHI", "HAVCR2", "IL2RA", "PDCD1", "CCAR2", "HSF1", "RPA1", "TPR", "SIRT1", "HSPA1B", "TGFB1"]}