# Autogenerated by nbdev

d = { 'settings': { 'branch': 'main',
                'doc_baseurl': '/sindr',
                'doc_host': 'https://$GIT_USER_NAME.github.io',
                'git_url': 'https://github.com/$GIT_USER_NAME/sindr',
                'lib_path': 'sindr'},
  'syms': { 'sindr.core': { 'sindr.core.get_config': ('core.html#get_config', 'sindr/core.py'),
                            'sindr.core.get_samplesheet': ('core.html#get_samplesheet', 'sindr/core.py'),
                            'sindr.core.set_env_variables': ('core.html#set_env_variables', 'sindr/core.py'),
                            'sindr.core.show_project_env_vars': ('core.html#show_project_env_vars', 'sindr/core.py')},
            'sindr.hello_world': { 'sindr.hello_world.cli': ('hello_world.html#cli', 'sindr/hello_world.py'),
                                   'sindr.hello_world.hello_world': ('hello_world.html#hello_world', 'sindr/hello_world.py')},
            'sindr.seq_data_manager': { 'sindr.seq_data_manager.WgsData': ('seq_data_manager.html#wgsdata', 'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.__init__': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.__init__',
                                                                                     'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.__iter__': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.__iter__',
                                                                                     'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.__repr__': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.__repr__',
                                                                                     'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.assemblypaths': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.assemblypaths',
                                                                                          'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.filepaths': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.filepaths',
                                                                                      'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.from_dataframe': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.from_dataframe',
                                                                                           'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.from_folders': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.from_folders',
                                                                                         'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.from_samplesheet': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.from_samplesheet',
                                                                                             'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.get_missing_files': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.get_missing_files',
                                                                                              'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.parse_folder_for_fasta_files': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.parse_folder_for_fasta_files',
                                                                                                         'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.parse_folder_for_paired_end_reads': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.parse_folder_for_paired_end_reads',
                                                                                                              'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.readpaths': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.readpaths',
                                                                                      'sindr/seq_data_manager.py'),
                                        'sindr.seq_data_manager.WgsData.wgs_files_exist': ( 'seq_data_manager.html#wgsdata.wgs_files_exist',
                                                                                            'sindr/seq_data_manager.py')},
            'sindr.seq_tools': { 'sindr.seq_tools.Assembly': ('seq_tools.html#assembly', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Assembly.assembly_stats': ( 'seq_tools.html#assembly.assembly_stats',
                                                                              'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq': ('seq_tools.html#bioseq', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.__add__': ('seq_tools.html#bioseq.__add__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.__init__': ('seq_tools.html#bioseq.__init__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.__iter__': ('seq_tools.html#bioseq.__iter__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.__len__': ('seq_tools.html#bioseq.__len__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.__repr__': ('seq_tools.html#bioseq.__repr__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.from_fasta': ('seq_tools.html#bioseq.from_fasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.BioSeq.print_fasta': ('seq_tools.html#bioseq.print_fasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq': ('seq_tools.html#dnaseq', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.__add__': ('seq_tools.html#dnaseq.__add__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.__init__': ('seq_tools.html#dnaseq.__init__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.__repr__': ('seq_tools.html#dnaseq.__repr__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.iupac_counts': ('seq_tools.html#dnaseq.iupac_counts', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.phred_score_to_int': ( 'seq_tools.html#dnaseq.phred_score_to_int',
                                                                                'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.reverse_complement': ( 'seq_tools.html#dnaseq.reverse_complement',
                                                                                'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.DnaSeq.translate': ('seq_tools.html#dnaseq.translate', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta': ('seq_tools.html#fasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.__getitem__': ('seq_tools.html#fasta.__getitem__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.__init__': ('seq_tools.html#fasta.__init__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.__iter__': ('seq_tools.html#fasta.__iter__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.__len__': ('seq_tools.html#fasta.__len__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.__repr__': ('seq_tools.html#fasta.__repr__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.add': ('seq_tools.html#fasta.add', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.append': ('seq_tools.html#fasta.append', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.check_sequence_type': ( 'seq_tools.html#fasta.check_sequence_type',
                                                                                'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.concat_seq': ('seq_tools.html#fasta.concat_seq', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.from_file': ('seq_tools.html#fasta.from_file', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.items': ('seq_tools.html#fasta.items', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.iterseqs': ('seq_tools.html#fasta.iterseqs', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.sequence_names': ('seq_tools.html#fasta.sequence_names', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.sequences': ('seq_tools.html#fasta.sequences', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.uniquify': ('seq_tools.html#fasta.uniquify', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fasta.write': ('seq_tools.html#fasta.write', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq': ('seq_tools.html#fastq', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq.__init__': ('seq_tools.html#fastq.__init__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq.__iter__': ('seq_tools.html#fastq.__iter__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq.__len__': ('seq_tools.html#fastq.__len__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq.__repr__': ('seq_tools.html#fastq.__repr__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq.from_file': ('seq_tools.html#fastq.from_file', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.Fastq.write': ('seq_tools.html#fastq.write', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.NucleotideFasta': ('seq_tools.html#nucleotidefasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.NucleotideFasta.__init__': ( 'seq_tools.html#nucleotidefasta.__init__',
                                                                               'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.NucleotideFasta.batch_iupac_counts': ( 'seq_tools.html#nucleotidefasta.batch_iupac_counts',
                                                                                         'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.NucleotideFasta.iupac_counts': ( 'seq_tools.html#nucleotidefasta.iupac_counts',
                                                                                   'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.NucleotideFasta.translate': ( 'seq_tools.html#nucleotidefasta.translate',
                                                                                'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.NucleotideFasta.uniquify': ( 'seq_tools.html#nucleotidefasta.uniquify',
                                                                               'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinFasta': ('seq_tools.html#proteinfasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinFasta.__getitem__': ( 'seq_tools.html#proteinfasta.__getitem__',
                                                                               'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinFasta.__init__': ('seq_tools.html#proteinfasta.__init__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinFasta.from_file': ('seq_tools.html#proteinfasta.from_file', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinFasta.uniquify': ('seq_tools.html#proteinfasta.uniquify', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinSeq': ('seq_tools.html#proteinseq', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinSeq.__add__': ('seq_tools.html#proteinseq.__add__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinSeq.__init__': ('seq_tools.html#proteinseq.__init__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinSeq.__repr__': ('seq_tools.html#proteinseq.__repr__', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinSeq.from_fasta': ('seq_tools.html#proteinseq.from_fasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.ProteinSeq.print_fasta': ('seq_tools.html#proteinseq.print_fasta', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.SpadesAssembly': ('seq_tools.html#spadesassembly', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.SpadesAssembly.batch_filter_contigs': ( 'seq_tools.html#spadesassembly.batch_filter_contigs',
                                                                                          'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.SpadesAssembly.filter_contigs': ( 'seq_tools.html#spadesassembly.filter_contigs',
                                                                                    'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.filter_spades_batch': ('seq_tools.html#filter_spades_batch', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.translate': ('seq_tools.html#translate', 'sindr/seq_tools.py'),
                                 'sindr.seq_tools.uniquify': ('seq_tools.html#uniquify', 'sindr/seq_tools.py')},
            'sindr.some_string': {}}}
