RNG Query Studio

快速开始

1. 先确认顶部 reactionabcd 文件 与 min_tp。
2. 在任一检索卡片输入条件并点击“查询”。
3. 点击结果表中的 View 或 View Rxn 查看结构。
4. 需要时间曲线时，在 时间曲线 Plot 输入目标后点击“绘图”。

常用模块

• 按分子式查 SMILES：查同分子式下的全部/Top 物种。
• 按质量数查 MD 物种：按 nominal/exact 质量筛选候选物种。
• 按 SMILES 查后续路径：看某物种的消耗/生成通道。
• Species 中间体筛选：按先升后降 + 丰度 + FWHM 自动筛候选。
• 按公式级反应检索：支持仅填反应物、仅填产物或双侧同时填写。
• 按公式级反应检索中的Top占比可直接算检索结果的占比。
• 反应事件窗口动画：自动定位反应事件并截取前后帧播放（支持逐帧控制）。
• 只显示反应物种：基于 route 文件过滤非反应背景原子。

输入格式示例

• 分子式：C6H4、C6H4O2
• SMILES：[H][O][H]
• 多项输入：使用 +、, 或换行分隔。
• Plot 目标支持：label::query，如 oBenzyne::C6H4。
• 轨迹 type 映射示例：1:C,2:H,3:O,4:Cl。
• 轨迹引擎：auto（优先 MDAnalysis，失败回退 internal）。
• 若要去背景，建议提供 route 文件并勾选“只显示反应物种”。

占比说明

• Top占比基于当前反应检索结果计算，无需额外 CSV。
• ShareMetric可选 net_tp / tp / reverse_tp。
• ShareAbs用于按绝对值统计（适合净通量正负并存场景）。
• Positive only只统计大于 0 的指标值。
• Plot 的 Species 文件(可选) 留空会由 reactionabcd 自动推导。