#!/bin/bash

#rapidtide \
	#--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--similaritymetric hybrid \
        #--norefinedespeckled \
        #--spacetolerance 1.0e-3 \
        #--filterband lfo \
        #--nolimitoutput \
        #--corrtype linear \
        #--offsetinclude sub-RAPIDTIDETEST_cerebellarmask.nii.gz \
        #sub-HAPPYTEST.nii.gz \
        #../dst/sub-HAPPYTESTRAPIDTIDE

#rapidtide \
	#--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--similaritymetric hybrid \
        #--norefinedespeckled \
        #--filterband lfo \
        #--nolimitoutput \
        #--corrtype linear \
        #sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        #--infotag tag1 value1 \
        #--infotag tag2 value2 \
        #../dst/sub-RAPIDTIDETEST_tagged

#rapidtide \
#	--spatialfilt 2.5 \
#        --nprocs -1 \
#        --passes 3 \
#        --nofitfilt \
#        --acfix \
#        --similaritymetric hybrid \
#        --norefinedespeckled \
#        --filterband lfo \
#        --disabledockermemfix \
#        --corrtype linear \
#        sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
#        ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_s2p5

rapidtide \
	--spatialfilt 2 \
        --nprocs -1 \
        --passes 3 \
        --nofitfilt \
        --acfix \
        --similaritymetric hybrid \
        --norefinedespeckled \
        --filterband lfo \
        --disabledockermemfix \
        --corrtype linear \
        sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_s2p0

#rapidtide \
	#--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--nofitfilt \
        #--similaritymetric hybrid \
        #--norefinedespeckled \
        #--CVR \
        #--regressor lforegressor_0p5x.txt \
        #--filterband lfo \
        #--corrtype linear \
        #sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        #../dst/sub-RAPIDTIDETEST_CVR0p5x

#rapidtide \
	#--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--similaritymetric hybrid \
        #--norefinedespeckled \
        #--filterband lfo \
        #--corrtype linear \
        #sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        #../dst/sub-RAPIDTIDETEST

#rapidtide \
#	--spatialfilt 2 \
#        --nprocs -1 \
#        --passes 3 \
#        --similaritymetric hybrid \
#        --norefinedespeckled \
#        --filterband lfo \
#        --nolimitoutput \
#        --corrtype linear \
#        --preservefiltering \
#        --singleproc_glm \
#        sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
#        ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_preserve

#rapidtide \
	##--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--similaritymetric hybrid \
        #--norefinedespeckled \
        #--filterband lfo \
        #--nolimitoutput \
        #--corrtype circular \
        #sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        #../dst/sub-RAPIDTIDETEST_circular
#
#rapidtide \
	#--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--similaritymetric hybrid \
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        #--filterband lfo \
        #--nolimitoutput \
        #--corrtype circular \
        #--nowindow \
        #sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        #../dst/sub-RAPIDTIDETEST_circular_nowin
#
#rapidtide \
	#--spatialfilt 2 \
        #--nprocs -1 \
        #--passes 3 \
        #--similaritymetric hybrid \
        #--norefinedespeckled \
        #--filterband lfo \
        #--nolimitoutput \
        #--zeropadding -1 \
        #--corrtype linear \
        #--windowfunc hamming \
        #sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
        ####../dst/sub-RAPIDTIDETEST_linear_hamming
