MANIFEST.in
README.md
setup.cfg
setup.py
versioneer.py
pydyno/__init__.py
pydyno/_version.py
pydyno/color_mpldatacursor.py
pydyno/discretize.py
pydyno/distinct_colors.py
pydyno/dominant_path_frequency_analysis.py
pydyno/kmedoids.py
pydyno/plot_sequences.py
pydyno/seqanalysis.py
pydyno/util.py
pydyno/util_tellurium.py
pydyno/visualize_discretization.py
pydyno/visualize_simulations.py
pydyno.egg-info/PKG-INFO
pydyno.egg-info/SOURCES.txt
pydyno.egg-info/dependency_links.txt
pydyno.egg-info/requires.txt
pydyno.egg-info/top_level.txt
pydyno/discretization/__init__.py
pydyno/discretization/base.py
pydyno/discretization/pysb_discretize.py
pydyno/discretization/sbml_discretize.py
pydyno/examples/__init__.py
pydyno/examples/corm/__init__.py
pydyno/examples/corm/corm.py
pydyno/examples/double_enzymatic/__init__.py
pydyno/examples/double_enzymatic/calibrate_pydream.py
pydyno/examples/double_enzymatic/calibrated_pars.npy
pydyno/examples/double_enzymatic/mm_two_paths_model.py
pydyno/examples/double_enzymatic/pso_calibration.py
pydyno/examples/earm/__init__.py
pydyno/examples/earm/earm2_flat.py
pydyno/examples/earm/earm_smallest_pydream.py
pydyno/examples/earm/earm_smallest_ready.py
pydyno/examples/earm/path_flux_analysis.py
pydyno/examples/sbml_example/double_enzymatic_sbml.xml
pydyno/examples/tyson_oscillator/__init__.py
pydyno/examples/tyson_oscillator/discretize_tyson_oscillator.py
pydyno/lcs/clcs.c
pydyno/lcs/clcs.h
pydyno/lcs/clcs.pxd
pydyno/lcs/lcs.c
pydyno/lcs/lcs.pyx
pydyno/tests/__init__.py
pydyno/tests/conftest.py
pydyno/tests/test_cluster_analysis.py
pydyno/tests/test_clustering.py
pydyno/tests/test_discretization_pysb.py
pydyno/tests/test_discretization_sbml.py
pydyno/tests/test_path_visualization.py
pydyno/tests/test_sequences_analysis.py
pydyno/tests/test_tools.py
pydyno/tools/__init__.py
pydyno/tools/miscellaneous_analysis.py