LICENSE.txt
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pyproject.toml
src/phylogenie/__init__.py
src/phylogenie/draw.py
src/phylogenie/main.py
src/phylogenie/msa.py
src/phylogenie/py.typed
src/phylogenie/tree_node.py
src/phylogenie/typeguards.py
src/phylogenie/typings.py
src/phylogenie/utils.py
src/phylogenie.egg-info/PKG-INFO
src/phylogenie.egg-info/SOURCES.txt
src/phylogenie.egg-info/dependency_links.txt
src/phylogenie.egg-info/entry_points.txt
src/phylogenie.egg-info/requires.txt
src/phylogenie.egg-info/top_level.txt
src/phylogenie/generators/__init__.py
src/phylogenie/generators/configs.py
src/phylogenie/generators/dataset.py
src/phylogenie/generators/factories.py
src/phylogenie/generators/msa.py
src/phylogenie/generators/tree.py
src/phylogenie/generators/typeguards.py
src/phylogenie/io/__init__.py
src/phylogenie/io/fasta.py
src/phylogenie/io/newick.py
src/phylogenie/io/nexus.py
src/phylogenie/plugins/__init__.py
src/phylogenie/plugins/alisim.py
src/phylogenie/plugins/native/__init__.py
src/phylogenie/plugins/native/base.py
src/phylogenie/plugins/native/closed_population.py
src/phylogenie/plugins/native/open_population.py
src/phylogenie/plugins/native/timed_events.py
src/phylogenie/skyline/__init__.py
src/phylogenie/skyline/matrix.py
src/phylogenie/skyline/ops.py
src/phylogenie/skyline/parameter.py
src/phylogenie/skyline/vector.py
src/phylogenie/treesimulator/__init__.py
src/phylogenie/treesimulator/closed_population.py
src/phylogenie/treesimulator/events.py
src/phylogenie/treesimulator/gillespie.py
src/phylogenie/treesimulator/model.py
src/phylogenie/treesimulator/open_population.py