# `all`

## 概要

`pdb2reaction all` は、抽出から解析までの一連の処理を **まとめて実行する最上位コマンド** です。典型的なフローは次のとおりです。

ポケット抽出 →（任意）段階的 MLIP スキャン → 再帰的 MEP 探索（`path-search`, GSM/DMF）→ 全系へのマージ →（任意）TS 最適化（`tsopt`、内部で虚振動数チェック済み）+ IRC →（任意）振動解析・熱化学（`freq`）→（任意）DFT 一点計算（`dft`）

MLIP バックエンドはデフォルトで UMA を使用しますが、`-b/--backend` オプションで ORB・MACE・AIMNet2 も選択可能です。

```{important}
`--tsopt` の出力は **TS 候補** です。`all` は自動的に IRC による検証まで実行しますが、結果の虚振動モードと端点極小は必ず目視で確認してください。
```

主なモードは 3 つあります。

- **end-to-end（複数構造）** — 反応順に並べた 2 構造以上（PDB/GJF/XYZ）と基質定義を与えます。`all` がポケット抽出 → GSM/DMF による MEP 探索 → 全系テンプレートへのマージまで実行し、必要に応じてセグメントごとに TSOPT / freq / DFT を行います。
- **単一構造 + 段階的スキャン** — 1 つの構造に対して `--scan-lists` を 1 つ以上与えます。スキャンで得られた中間体列を MEP の端点として用います。
 - `--scan-lists` を 1 つだけ渡すと 1 ステージになります。
 - 複数ステージは `--scan-lists` を繰り返して指定します。
- **TSOPT のみ（ポケット TS 最適化）** — 1 つの入力構造に対し、`--scan-lists` を省略して `--tsopt` を指定します。`-c/--center` がある場合はポケットを抽出し、その系で TS 最適化（内部で虚振動数チェック済み）+ IRC（必要に応じて freq / DFT）のみ実行します。

## 最小例

```bash
pdb2reaction all -i R.pdb -i P.pdb -c "SAM,GPP" -l "SAM:1,GPP:-3" --out-dir ./result_all
```

## 出力の見方

- `result_all/summary.log`
- `result_all/summary.yaml`
- `result_all/path_search/mep.pdb`（または `result_all/path_search/seg_*/`）

## よくある例

1. TS 最適化（内部で虚振動数チェック済み）・IRC・熱化学・DFT まで一括実行する。

```bash
pdb2reaction all -i R.pdb -i P.pdb -c "SAM,GPP" -l "SAM:1,GPP:-3" \
 --tsopt --thermo --dft --out-dir ./result_all
```

2. 単一構造 + 段階的スキャンを実行する。

```bash
pdb2reaction all -i A.pdb -c "308,309" --scan-lists "[(12,45,1.35)]" --scan-lists "[(10,55,2.20)]" \
 --multiplicity 1 --out-dir ./result_scan_all
```

テンプレートがある場合の XYZ/TRJ → PDB/GJF 変換（付随ファイルの生成）は、全ステージ共通の `--convert-files/--no-convert-files`（デフォルト: `True`）で制御できます。


## 使用法
```bash
pdb2reaction all -i INPUT1 -i [INPUT2 ...] -c SUBSTRATE [-b/--backend uma|orb|mace|aimnet2] [--solvent SOLVENT] [--solvent-model alpb|cpcmx] [options]
```

ヘルプ出力は `pdb2reaction all --help` で主要オプションを、`pdb2reaction all --help-advanced` で全オプションを確認できます。

### 例
```bash
# 明示的なリガンド電荷と後処理を伴う複数構造アンサンブル
pdb2reaction all -i reactant.pdb -i product.pdb -c 'GPP,SAM' \
 -l 'GPP:-3,SAM:1' --multiplicity 1 --freeze-links \
 --max-nodes 10 --max-cycles 100 --climb --opt-mode grad \
 --out-dir ./result_all --tsopt --thermo --dft

# 単一構造段階的スキャン + GSM/DMF + TSOPT/freq/DFT
pdb2reaction all -i single.pdb -c '308,309' \
 --scan-lists '[("TYR,285,CA","SAM,309,C10",2.20),("TYR,285,CB","SAM,309,C11",1.80)]' \
 --opt-mode hess --tsopt --thermo --dft

# TSOPT のみワークフロー（経路探索なし）
pdb2reaction all -i reactant.pdb -c 'GPP,SAM' \
 -l 'GPP:-3,SAM:1' --tsopt --thermo --dft
```

## ワークフロー

0. **事前チェック**（自動）
 - `all` は全 PDB 入力に対し、他の処理の前に `add-elem-info`（PDB 列 77–78 の元素記号を補完）と `fix-altloc`（代替配座の解消）を自動実行します。個別のサブコマンド（`extract`、`opt` など）を使用する場合は、必要に応じてこれらを手動で実行してください。

1. **活性部位ポケット抽出**（`-c/--center` が指定された場合）
 - 基質は PDB パス、残基 ID（`123,124` または `A:123,B:456`）、または残基名（`GPP,SAM`）で指定可能
 - 抽出オプション: `--radius`、`--radius-het2het`、`--include-H2O`、`--exclude-backbone`、`--add-linkH`、`--selected-resn`、`--verbose`
 - 入力ごとのポケット PDB は `<out-dir>/pockets/` に保存。複数構造が提供された場合、ポケットは残基選択ごとに統合
 - **最初のポケットの総電荷**がスキャン/MEP/TSOPT に伝播

2. **オプションの段階的スキャン（単一入力のみ）**
 - 各 `--scan-lists` 引数は UMA スキャンステージを記述する `(i,j,target_Å)` タプルの Python ライクなリスト。原子インデックスは元の入力順序（1始まり）を参照し、ポケット順序に自動変換されます。PDB 入力の場合、`i`/`j` は整数インデックスまたは `'TYR,285,CA'` のようなセレクタ文字列を使用可能です。セレクタはスペース/カンマ/スラッシュ/バッククォート/バックスラッシュ（` ` `,` `/` `` ` `` `\`）を区切り文字として受け付け、トークン順序は任意です（フォールバックは resname, resseq, atom と仮定）。
 - 単一リテラルは 1 ステージスキャンを実行し、複数リテラルは**順次**実行されるため、ステージ 2 はステージ 1 の結果から開始されます。複数リテラルは `--scan-lists` を繰り返して指定します。
 - ステージエンドポイント（`stage_XX/result.pdb`）が、後続 MEP ステップへ渡される順序付き中間体となる

3. **ポケットでの MEP 探索（再帰的 GSM/DMF）**
 - 抽出されたポケット（または抽出をスキップした場合は元の全構造）で `path-search` を実行（出力は `<out-dir>/path_search/`）
 - `--no-refine-path` を指定すると、再帰的精密化なしのシングルパス `path-opt` GSM/DMF チェーンに切り替わる

4. **ポケットを全系にマージ**
 - 参照 PDB テンプレートがある場合、マージ済みの `mep_w_ref*.pdb` とセグメントごとの `mep_w_ref_seg_XX.pdb` が `<out-dir>/path_search/` に出力される

5. **オプションのセグメントごとの後処理**（反応セグメントのみ — 結合変化のあるセグメント。ブリッジセグメントはスキップ）
 - `--tsopt`: 各 HEI ポケットで TS 最適化（内部で虚振動数チェック済み）を実行し、EulerPC IRC で追跡した後、IRC エンドポイントを `--thresh-post`（デフォルト `baker`）で再最適化してセグメントエネルギーダイアグラムを出力。エンドポイント最適化の作業ディレクトリは完了後に自動削除されます。
 - `--thermo`: (R, TS, P) で `freq` を呼び出し、振動/熱化学データと UMA Gibbs ダイアグラムを取得
 - `--dft`: (R, TS, P) で DFT 一点計算を実行し、DFT ダイアグラムを構築。`--thermo` と組み合わせると DFT//MLIP Gibbs ダイアグラムも生成
  - 共有の上書きオプション: `--opt-mode`、`--opt-mode-post`（TSOPT/IRC 後最適化のプリセット上書き）、`--flatten/--no-flatten`、`--hessian-calc-mode`、`--tsopt-max-cycles`、`--tsopt-out-dir`、`--freq-*`、`--dft-*`、`--dft-engine`（GPU 優先）など
 - ヘシアン評価モードの詳細は [MLIP 計算機](uma_pysis.md#ヘシアンモード) を参照してください。

6. **TSOPT のみモード**（単一入力、`--tsopt`、`--scan-lists` なし）
 - MEP/マージステージをスキップし、ポケット（または抽出がスキップされた場合は全入力構造）で `tsopt`（内部で虚振動数チェック済み）→ EulerPC IRC を実行
 - 高エネルギー側の IRC 終端を反応物 (R) として識別し、エネルギーダイアグラム一式とオプションの freq/DFT 出力を生成


### 電荷とスピンの優先順位

電荷の解決順序の詳細は [CLI 規約: 電荷の指定](cli_conventions.md#電荷の指定) を参照してください。`all` コマンドでは、ポケット抽出（`-c` 指定時）による電荷導出が追加の優先度レイヤーとして機能します。

**スピンの解決順序:** `--multiplicity`（CLI）→ `.gjf` テンプレート → デフォルト（1）

> **ヒント:** 非標準の基質には `--ligand-charge` を必ず指定し、正しい電荷伝播を確保してください。

### 入力要件
- 抽出有効（`-c/--center`）: 残基同定のため入力は **PDB** が必須。
- 抽出なし: **PDB/XYZ/GJF** を使用可能。
- 複数構造実行は 2 つ以上の構造が必要。


## CLI オプション

> **注記:** 表示されているデフォルト値は、オプション未指定時に使用される内部デフォルトです。

### 入出力オプション

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `-i, --input PATH...` | 反応順序の2つ以上の完全構造（`--scan-lists` または `--tsopt` のみ単一入力可） | 必須 |
| `--ref-pdb FILE` | `-i` で XYZ 入力を使用する場合のトポロジー参照 PDB | _None_ |
| `-o, --out-dir PATH` | トップレベル出力ディレクトリ | `./result_all/` |
| `--convert-files/--no-convert-files` | XYZ/TRJ → PDB/GJFコンパニオンのグローバルトグル | `True` |
| `--dump/--no-dump` | MEP(GSM/DMF)軌跡を出力。`path-search`/`path-opt` には常時転送され、`scan`/`tsopt` には明示指定時のみ転送。`freq` はデフォルトで dump=True なので `--no-dump` で無効化。 | `False` |
| `--config FILE` | 先に適用するベース YAML | _None_ |
| `--show-config/--no-show-config` | 実行前に解決済み設定を表示 | `False` |
| `--dry-run/--no-dry-run` | 実行せず検証と計画表示のみ行う。 | `False` |
| `--resume/--no-resume` | `--out-dir` から前回の実行を再開。出力ファイルが既に存在する完了済みステージはスキップされる。 | `False` |

### 電荷・スピンオプション

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `-l, --ligand-charge TEXT` | 残基別電荷マッピング（例: `GPP:-3,SAM:1`、推奨）。PDB の残基電荷から全系の電荷を自動導出します（手動計算不要）。`-q` 省略時に使用（PDB 入力、または `--ref-pdb` 付き XYZ/GJF） | _None_ |
| `-q, --charge INT` | 総電荷を強制上書き（`--ligand-charge` より優先） | _None_ |
| `-m, --multiplicity INT` | 全下流ステップへ転送されるスピン多重度 | `1` |

### ポケット抽出オプション

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `-c, --center TEXT` | 基質指定（PDBパス、残基ID、または残基名） | 抽出に必須 |
| `-r, --radius FLOAT` | ポケット包含カットオフ（Å） | `2.6` |
| `--radius-het2het FLOAT` | ヘテロ–ヘテロカットオフ（Å） | `0.0` |
| `--include-H2O/--no-include-H2O` | 水分子を含める（HOH/WAT/TIP3/SOL） | `True` |
| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | 非基質アミノ酸の主鎖原子を除去 | `False` |
| `--add-linkH/--no-add-linkH` | 切断結合にリンク水素を付加 | `True` |
| `--selected-resn TEXT` | 強制包含残基 | `""` |
| `--freeze-links/--no-freeze-links` | ポケットPDBでリンクHの親を凍結 | `True` |
| `--verbose/--no-verbose` | 抽出器のINFOログを有効化 | `True` |

### MEP 探索オプション

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `--mep-mode [gsm\|dmf]` | MEP 探索アルゴリズム: GSM（Growing String Method）または DMF（Direct Max Flux） | `gsm` |
| `--max-nodes INT` | MEP内部ノード数 | `20` |
| `--max-cycles INT` | MEP最大最適化サイクル | `300` |
| `--climb/--no-climb` | 最初のセグメントでTSクライミングを有効化 | `True` |
| `--opt-mode [grad\|hess]` | ワークフロープリセット（`grad` → LBFGS/Dimer、`hess` → RFO/RSIRFO）。コマンド個別実行では `opt --opt-mode grad|hess`、`tsopt --opt-mode grad|hess` を推奨 | `grad` |
| `--thresh TEXT` | 収束プリセット（`gau_loose`, `gau`, `gau_tight`, `gau_vtight`, `baker`, `never`） | `gau` |
| `--preopt/--no-preopt` | MEP前にポケット端点を事前最適化 | `True` |
| `--refine-path/--no-refine-path` | True の場合は再帰的 `path-search`、False の場合は `path-opt` を連結して再帰的精密化なしで実行 | `True` |

### MLIP 計算機オプション

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `--workers`, `--workers-per-node` | UMA並列度（workers > 1 で解析ヘシアン無効） | `1`, `1` |
| `--hessian-calc-mode [Analytical\|FiniteDifference]` | 共有UMAヘシアンエンジン | `FiniteDifference` |
| `-b, --backend {uma,orb,mace,aimnet2}` | MLIP バックエンド | `uma` |
| `--solvent TEXT` | xTB 補正用の暗黙溶媒名（例: `water`）。`none` で無効化 | `none` |
| `--solvent-model {alpb,cpcmx}` | xTB 溶媒モデル | `alpb` |

### 後処理オプション

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `--tsopt/--no-tsopt` | セグメントごとの TS 最適化（内部で虚振動数チェック済み）+ IRC を実行 | `False` |
| `--thermo/--no-thermo` | R/TS/Pで振動解析を実行 | `False` |
| `--dft/--no-dft` | R/TS/PでDFT一点計算を実行 | `False` |
| `--opt-mode-post [grad\|hess]` | TSOPT/IRC後最適化のプリセット上書き（`grad` → Dimer/LBFGS、`hess` → RSIRFO/RFO） | `hess` |
| `--thresh-post TEXT` | IRC後エンドポイント最適化の収束プリセット（`gau_loose`, `gau`, `gau_tight`, `gau_vtight`, `baker`, `never`） | `baker` |
| `--flatten/--no-flatten` | 余分な虚振動モードのフラット化 | `False` |
TSOPT の最適化モードは、`--opt-mode-post`（指定時）→ `--opt-mode`（明示指定時のみ）→ TSOPT のデフォルト（`hess` → `rsirfo`）の順で決まります。

### TSOPT 上書き

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `--tsopt-max-cycles INT` | `tsopt --max-cycles` 上書き | `10000` |
| `--tsopt-out-dir PATH` | tsopt出力サブディレクトリ | _None_ |

### Freq 上書き

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `--freq-out-dir PATH` | freq出力ディレクトリ上書き | _None_ |
| `--freq-max-write INT` | 最大モード出力数 | `10` |
| `--freq-amplitude-ang FLOAT` | モードアニメーション振幅（Å） | `0.8` |
| `--freq-n-frames INT` | モードアニメーションフレーム数 | `20` |
| `--freq-sort [value\|abs]` | モードソート方法 | `value` |
| `--freq-temperature FLOAT` | 熱化学温度（K） | `298.15` |
| `--freq-pressure FLOAT` | 熱化学圧力（atm） | `1.0` |

### DFT 上書き

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `--dft-engine [gpu\|cpu\|auto]` | バックエンド（`auto` はGPU優先） | `gpu` |
| `--dft-out-dir PATH` | DFT出力ディレクトリ上書き | _None_ |
| `--dft-func-basis TEXT` | 汎関数/基底関数ペア | `wb97m-v/def2-tzvpd` |
| `--dft-max-cycle INT` | 最大SCFサイクル | `100` |
| `--dft-conv-tol FLOAT` | SCF収束閾値 | `1e-9` |
| `--dft-grid-level INT` | PySCFグリッドレベル | `3` |

### スキャンオプション（単一入力）

| オプション | 説明 | デフォルト |
| --- | --- | --- |
| `-s, --scan-lists TEXT...` | 段階的スキャン: `(i,j,target_Å)` タプル | _None_ |
| `--scan-out-dir PATH` | scan出力ディレクトリ上書き | _None_ |
| `--scan-one-based/--no-scan-one-based` | 1始まり/0始まりインデックス | _None_ |
| `--scan-max-step-size FLOAT` | 最大ステップサイズ（Å） | `0.20` |
| `--scan-bias-k FLOAT` | 調和バイアス強度（eV·Å⁻²） | `300` |
| `--scan-relax-max-cycles INT` | 緩和サイクル上限 | `10000` |
| `--scan-preopt/--no-scan-preopt` | scan事前最適化 | _None_ |
| `--scan-endopt/--no-scan-endopt` | scanステージ終端最適化 | _None_ |

## 出力
```text
out_dir/ (デフォルト:./result_all/)
├─ summary.log # テキスト形式の結果要約
├─ summary.yaml # YAML 形式の結果要約
├─ pockets/ # 抽出実行時の入力ごとのポケット PDB
├─ scan/ # 段階的ポケットスキャン結果（--scan-lists提供時）
├─ path_search/ # MEP結果: 軌跡、マージPDB、ダイアグラム
├─ path_search/post_seg_XX/ # 後処理出力（TS最適化、IRC、freq、DFT）
└─ tsopt_single/ # TSOPT のみ出力とIRCエンドポイント
```


- コンソールには電荷解決結果、YAML 設定、MEP 進行状況、各ステージの所要時間が出力されます。

### `summary.log` の読み方
ログは番号付きセクションで構成されます:
- **[1] グローバル MEP 概要** – イメージ/セグメント数、MEP 軌跡プロットのパス、MEP 全体のエネルギーダイアグラム。
- **[2] セグメント別MEPサマリー（UMAパス）** – セグメントごとの障壁（`ΔE‡`）、反応エネルギー（`ΔE`）、結合変化サマリー。
- **[3] セグメント別後処理（TSOPT / Thermo / DFT）** – TS 虚振動数チェック、IRC 出力、UMA/熱化学/DFT のエネルギーテーブル。
- **[4] エネルギーダイアグラム（概要）** – MEP/UMA/Gibbs/DFT 系の図表と、任意の横断サマリー表。
- **[5] 出力ディレクトリ構造** – 生成ファイルを注釈付きでまとめたツリー。

### `summary.yaml` の読み方
YAML はプログラムから処理しやすい形式の要約です。代表的なトップレベルキーは以下のとおりです。
- `out_dir`, `n_images`, `n_segments` – 実行メタデータと総数。
- `segments` – `index`, `tag`, `kind`, `barrier_kcal`, `delta_kcal`, `bond_changes` を含むセグメント配列。
- `energy_diagrams`（任意） – `labels`, `energies_kcal`, `energies_au`, `ylabel`, `image` などを含む図表データ。

`summary.yaml` には `summary.log` にある整形テーブルやファイルツリーは含まれません。

### エネルギーダイアグラムの命名規則

エネルギーダイアグラムファイルは手法とスコープに基づいて命名されます:

| ファイル名 | 生成タイミング | 内容 |
|---|---|---|
| `energy_diagram_MEP.png` | path-opt/path-search 完了時 | 全セグメント MEP 障壁（生の GSM/DMF 値） |
| `energy_diagram_UMA.png` | セグメントごとの tsopt+IRC 完了時 | R→TS→P（UMA エネルギー） |
| `energy_diagram_G_UMA.png` | セグメントごとの thermo 完了時 | R→TS→P（UMA ギブズ自由エネルギー） |
| `energy_diagram_DFT.png` | セグメントごとの DFT 完了時 | R→TS→P（DFT エネルギー） |
| `energy_diagram_G_DFT_plus_UMA.png` | セグメントごとの DFT+thermo 完了時 | R→TS→P（DFT エネルギー + UMA 熱補正） |
| `energy_diagram_UMA_all.png` | 全セグメント集約時 | 全セグメント統合（UMA） |
| `energy_diagram_G_UMA_all.png` | 全セグメント + thermo | 全セグメント統合（UMA ギブズ） |
| `energy_diagram_DFT_all.png` | 全セグメント + DFT | 全セグメント統合（DFT） |
| `energy_diagram_G_DFT_plus_UMA_all.png` | 全セグメント + DFT + thermo | 全セグメント統合（DFT//MLIP ギブズ） |

## 注意事項
- 症状起点で切り分ける場合は [典型エラー別レシピ](recipes_common_errors.md) を先に参照し、詳細は [トラブルシューティング](troubleshooting.md) を確認してください。

- 形式電荷を推定できない場合は `--ligand-charge`（数値または残基別マッピング）を必ず指定し、scan/MEP/TSOPT/DFT へ正しい総電荷を伝播させてください。
- マージ用の参照 PDB テンプレートは元の入力から自動的に導出されます。`path-search` の `--ref-full-pdb` はこのラッパーでは意図的に非公開です。
- 収束プリセット: `--thresh` のデフォルトは `gau`、`--thresh-post` のデフォルトは `baker`。
- 抽出半径: `--radius` または `--radius-het2het` に `0` を渡すと、内部で `0.001 Å` にクランプされます。
- エネルギーダイアグラムは反応物（最初の状態）基準の kcal/mol で表示されます。
- `-c/--center` を省略すると抽出をスキップし、全構造をそのまま MEP/tsopt/freq/DFT に渡します。ただし単一構造実行では `--scan-lists` か `--tsopt` が必要です。
- **`--resume`**: 同じコマンドに `--resume` を付けて再実行すると、出力ファイルが既に存在するステージをスキップします。各ステージはセンチネルファイルで判定されます（MEP は `summary.yaml`、TSOPT/IRC は `final_geometry.*` + `finished_irc_trj.xyz`、freq/DFT は `R/`+`TS/`+`P/` ディレクトリ）。resume 時に抽出がスキップされた場合は `-q/--charge` または `--ligand-charge` を明示的に指定してください。


`all` は YAML の多層指定をサポートします:

- `--config FILE`: ベース設定。

適用順序:

`defaults < config < CLI < override-yaml`

解決後の YAML は呼び出されるすべてのサブコマンドに転送されます。各ツールが読み取るセクションは以下のとおりです:

| サブコマンド | YAML セクション |
|------------|-----------------|
| [`path-search`](path_search.md) | `geom`, `calc`, `gs`, `stopt`, `opt`, `bond`, `search` |
| [`scan`](scan.md) | `geom`, `calc`, `opt`, `lbfgs`, `rfo`, `bias`, `bond` |
| [`tsopt`](tsopt.md) | `geom`, `calc`, `opt`, `hessian_dimer`, `rsirfo` |
| [`freq`](freq.md) | `geom`, `calc`, `freq`, `thermo` |
| [`dft`](dft.md) | `dft` |


**最小例:**
```yaml
calc:
 model: uma-s-1p1 # uma-s-1p1 | uma-m-1p1
 hessian_calc_mode: Analytical # VRAM に余裕がある場合推奨
gs:
 max_nodes: 12
 climb: true
dft:
 grid_level: 6
```

すべての YAML オプションの完全なリファレンスについては、**[YAML 設定リファレンス](yaml_reference.md)** を参照してください。

---

## 関連項目

- [インストール](installation.md) — セットアップと依存関係
- [はじめに](getting_started.md) — 初回実行とワークフロー概要
- [概念とワークフロー](concepts.md) — ポケット、セグメント、ステージの全体像
- [extract](extract.md) — 単独のポケット抽出（`all` が内部で呼び出し）
- [path-search](path_search.md) — 単独のMEP 探索（`all` が内部で呼び出し）
- [tsopt](tsopt.md) — 単独の TS 最適化（内部で虚振動数チェック済み）
- [freq](freq.md) — 単独の振動解析（任意）
- [dft](dft.md) — 単独の DFT 計算
- [典型エラー別レシピ](recipes_common_errors.md) — 症状起点の切り分け
- [トラブルシューティング](troubleshooting.md) — よくあるエラーと対処法
- [YAML リファレンス](yaml_reference.md) — 全YAML設定オプション
- [用語集](glossary.md) — MEP、TS、IRC、GSM、DMFの定義
