# クイックスタート: `pdb2reaction tsopt`

## 目的

TS 候補を最適化し、一次鞍点（first-order saddle point）であることを確認します。

## 事前に必要なもの

- TS 候補構造: `ts_guess.pdb`
- 対象状態に対応した電荷・多重度（`-q`, `-m`）

## 1. TS 最適化

```bash
pdb2reaction tsopt -i ts_guess.pdb -q 0 -m 1 --out-dir ./result_tsopt
```

`tsopt` は最適化の最後に自動でヘシアン行列（Hessian）の計算と虚振動数の確認を実行します。ターミナル出力で以下のような行を確認してください。

```
[Imaginary modes] n=1  ([-593.1])
```

## まず確認する出力

- `result_tsopt/final_geometry.pdb` — 最適化済み TS 構造
- `result_tsopt/vib/` — 虚振動モード（変位ベクトル）のアニメーションファイル（`imag_*.xyz`, `.pdb`）
- ターミナル出力: **n=1** かつ十分な大きさの虚振動数（|ν| >= 100 cm⁻¹）であれば良好な TS 候補です。虚振動数が複数残る場合は `--flatten` の適用を検討してください

## 2.（任意）個別の振動解析

全振動モードの一覧や熱化学補正（零点エネルギー (ZPE)、ギブズ自由エネルギーなど; `all` コマンドの `--thermo` に相当）が必要な場合は、別途 `freq` を実行してください。虚振動数の確認だけであれば、上記の `tsopt` の出力で十分です。

```bash
pdb2reaction freq -i ./result_tsopt/final_geometry.pdb -q 0 -m 1 --out-dir ./result_freq
```

## 補足

- VRAM に余裕がある場合は `--hessian-calc-mode Analytical` を推奨します（デフォルトは `FiniteDifference`）。
- 全オプションは `pdb2reaction tsopt --help-advanced` と `pdb2reaction freq --help-advanced` を参照してください。

## 次の導線

- 反応経路追跡は [irc](irc.md)、一括実行は [all](all.md) を参照してください。
