#!/bin/bash

query=$1
nproc=`nproc`

fa2lst.pl $query.fasta >$query.lst
time diamond blastp -q $query.fasta -d model/model -o $query-seq.aln --id 30 --max-target-seqs 0 -p $nproc
aln2txt.pl $query.lst model/model.lst $query-seq.aln >$query-seq.txt
time hhblits -i $query.fasta -d model/model_uniclust30 -blasttab $query-prof.aln -o /dev/null -cpu $nproc
aln2txt.pl $query.lst model/model.lst $query-prof.aln >$query-prof.txt
time predict.py -m model/model-small.sav -t model/tree.out -i $query -o $query.out

