LICENSE
README.md
pyproject.toml
setup.cfg
setup.py
src/napistu/__init__.py
src/napistu/__main__.py
src/napistu/consensus.py
src/napistu/constants.py
src/napistu/identifiers.py
src/napistu/indices.py
src/napistu/mechanism_matching.py
src/napistu/sbml_dfs_core.py
src/napistu/sbml_dfs_utils.py
src/napistu/source.py
src/napistu/utils.py
src/napistu.egg-info/PKG-INFO
src/napistu.egg-info/SOURCES.txt
src/napistu.egg-info/dependency_links.txt
src/napistu.egg-info/entry_points.txt
src/napistu.egg-info/requires.txt
src/napistu.egg-info/top_level.txt
src/napistu/gcs/__init__.py
src/napistu/gcs/constants.py
src/napistu/gcs/downloads.py
src/napistu/gcs/utils.py
src/napistu/ingestion/__init__.py
src/napistu/ingestion/bigg.py
src/napistu/ingestion/constants.py
src/napistu/ingestion/cpr_edgelist.py
src/napistu/ingestion/identifiers_etl.py
src/napistu/ingestion/obo.py
src/napistu/ingestion/psi_mi.py
src/napistu/ingestion/reactome.py
src/napistu/ingestion/sbml.py
src/napistu/ingestion/string.py
src/napistu/ingestion/trrust.py
src/napistu/ingestion/yeast.py
src/napistu/mcp/__init__.py
src/napistu/mcp/__main__.py
src/napistu/mcp/codebase.py
src/napistu/mcp/codebase_utils.py
src/napistu/mcp/constants.py
src/napistu/mcp/documentation.py
src/napistu/mcp/documentation_utils.py
src/napistu/mcp/execution.py
src/napistu/mcp/profiles.py
src/napistu/mcp/server.py
src/napistu/mcp/tutorials.py
src/napistu/mcp/tutorials_utils.py
src/napistu/mcp/utils.py
src/napistu/modify/__init__.py
src/napistu/modify/constants.py
src/napistu/modify/curation.py
src/napistu/modify/gaps.py
src/napistu/modify/pathwayannot.py
src/napistu/modify/uncompartmentalize.py
src/napistu/network/__init__.py
src/napistu/network/constants.py
src/napistu/network/neighborhoods.py
src/napistu/network/net_create.py
src/napistu/network/net_propagation.py
src/napistu/network/net_utils.py
src/napistu/network/paths.py
src/napistu/network/precompute.py
src/napistu/rpy2/__init__.py
src/napistu/rpy2/callr.py
src/napistu/rpy2/constants.py
src/napistu/rpy2/netcontextr.py
src/napistu/rpy2/rids.py
src/tests/__init__.py
src/tests/conftest.py
src/tests/test_consensus.py
src/tests/test_constants.py
src/tests/test_curation.py
src/tests/test_edgelist.py
src/tests/test_gaps.py
src/tests/test_gcs.py
src/tests/test_identifiers.py
src/tests/test_igraph.py
src/tests/test_indices.py
src/tests/test_mcp_documentation_utils.py
src/tests/test_mechanism_matching.py
src/tests/test_net_propagation.py
src/tests/test_net_utils.py
src/tests/test_netcontextr.py
src/tests/test_obo.py
src/tests/test_pathwayannot.py
src/tests/test_precomputed_distances.py
src/tests/test_rpy2.py
src/tests/test_sbml.py
src/tests/test_sbml_dfs_core.py
src/tests/test_sbml_dfs_utils.py
src/tests/test_sbo.py
src/tests/test_set_coverage.py
src/tests/test_source.py
src/tests/test_uncompartmentalize.py
src/tests/test_utils.py
src/tests/utils.py
src/tests/test_data/__init__.py