LICENSE
MANIFEST.in
README.md
setup.cfg
setup.py
limix/__init__.py
limix.egg-info/PKG-INFO
limix.egg-info/SOURCES.txt
limix.egg-info/dependency_links.txt
limix.egg-info/entry_points.txt
limix.egg-info/not-zip-safe
limix.egg-info/requires.txt
limix.egg-info/top_level.txt
limix/data/__init__.py
limix/data/bed_reader.py
limix/data/geno_iterator.py
limix/data/query_utils.py
limix/heritability/__init__.py
limix/heritability/estimate.py
limix/heritability/test/test_heritability.py
limix/io/__init__.py
limix/io/_csv.py
limix/io/gen.py
limix/io/hdf5.py
limix/io/npy.py
limix/io/plink.py
limix/io/util.py
limix/io/examples/__init__.py
limix/io/examples/data/csv/data.csv
limix/io/examples/data/gen/example.gen
limix/io/examples/data/gen/example.sample
limix/io/examples/data/hdf5/data.h5
limix/io/examples/data/numpy/1000G_kinship.npy
limix/io/test/test_readers.py
limix/io/test/data/csv/pheno.csv
limix/io/test/data/gen/example.gen
limix/io/test/data/gen/example.sample
limix/io/test/data/hdf5/data.h5
limix/iset/__init__.py
limix/iset/iset.py
limix/iset/linalg_utils.py
limix/iset/mvset.py
limix/iset/mvsetfull.py
limix/iset/mvsetinc.py
limix/mtset/__init__.py
limix/mtset/mtset.py
limix/mtset/core/__init__.py
limix/mtset/core/analyzeCore.py
limix/mtset/core/definesetsCore.py
limix/mtset/core/iset_utils.py
limix/mtset/core/plink_reader.py
limix/mtset/core/postprocessCore.py
limix/mtset/core/preprocessCore.py
limix/mtset/core/read_utils.py
limix/mtset/core/simPhenoCore.py
limix/mtset/core/simulator.py
limix/mtset/core/splitter.py
limix/mtset/core/splitter_bed.py
limix/plot/__init__.py
limix/plot/image.py
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limix/plot/power.py
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limix/qtl/__init__.py
limix/qtl/glmm.py
limix/qtl/lmm.py
limix/qtl/qtl.py
limix/qtl/test/test_qtl_glmm.py
limix/scripts/__init__.py
limix/scripts/ilimix.py
limix/scripts/iset_analyze.py
limix/scripts/iset_postprocess.py
limix/scripts/limix.py
limix/scripts/limix_converter.py
limix/scripts/limix_runner.py
limix/scripts/mtset_analyze.py
limix/scripts/mtset_definesets.py
limix/scripts/mtset_postprocess.py
limix/scripts/mtset_preprocess.py
limix/scripts/mtset_simpheno.py
limix/scripts/test/test_mtSet_simPheno.py
limix/stats/__init__.py
limix/stats/chi2mixture.py
limix/stats/fdr.py
limix/stats/kinship.py
limix/stats/pca.py
limix/stats/preprocess.py
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limix/stats/test/test_preprocess.py
limix/test/mtset/test_mtset.py
limix/test/mtset/data/XX.txt
limix/test/mtset/data/Xr.txt
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limix/test/mtset/data/res_mtSetNull_Cg.txt
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limix/util/__init__.py
limix/util/geno_utils.py
limix/util/preprocess.py
limix/util/set_utils.py
limix/util/temp.py
limix/util/url.py
limix/util/util_functions.py
limix/vardec/__init__.py
limix/vardec/vardec.py