README.rst
setup.py
HiCExplorer.egg-info/PKG-INFO
HiCExplorer.egg-info/SOURCES.txt
HiCExplorer.egg-info/dependency_links.txt
HiCExplorer.egg-info/not-zip-safe
HiCExplorer.egg-info/requires.txt
HiCExplorer.egg-info/top_level.txt
bin/findRestSite
bin/hicBuildMatrix
bin/hicCompareMatrices
bin/hicCorrectMatrix
bin/hicCorrelate
bin/hicExport
bin/hicFindEnrichedContacts
bin/hicFindTADs
bin/hicInfo
bin/hicMergeMatrixBins
bin/hicPlotDistVsCounts
bin/hicPlotMatrix
bin/hicPlotTADs
bin/hicQC
bin/hicSumMatrices
bin/hicexplorer
hicexplorer/HiCMatrix.py
hicexplorer/__init__.py
hicexplorer/_version.py
hicexplorer/findRestSite.py
hicexplorer/hicBuildMatrix.py
hicexplorer/hicCompareMatrices.py
hicexplorer/hicCorrectMatrix.py
hicexplorer/hicCorrelate.py
hicexplorer/hicExport.py
hicexplorer/hicFindEnrichedContacts.py
hicexplorer/hicFindTADs.py
hicexplorer/hicFindTADspectra.py
hicexplorer/hicInfo.py
hicexplorer/hicLog2Ratio.py
hicexplorer/hicLoopCalling.py
hicexplorer/hicMergeMatrixBins.py
hicexplorer/hicMergeTADbins.py
hicexplorer/hicPlotDistVsCounts.py
hicexplorer/hicPlotMatrix.py
hicexplorer/hicPlotTADs.py
hicexplorer/hicPrepareQCreport.py
hicexplorer/hicSumMatrices.py
hicexplorer/iterativeCorrection.py
hicexplorer/liberman_load.py
hicexplorer/list_tools.py
hicexplorer/mapReduce.py
hicexplorer/parserCommon.py
hicexplorer/readBed.py
hicexplorer/reduceMatrix.py
hicexplorer/trackPlot.py
hicexplorer/utilities.py