README.md
setup.py
cisipy/__init__.py
cisipy.egg-info/PKG-INFO
cisipy.egg-info/SOURCES.txt
cisipy.egg-info/dependency_links.txt
cisipy.egg-info/requires.txt
cisipy.egg-info/top_level.txt
cisipy/decompression/__init__.py
cisipy/decompression/analyzer.py
cisipy/decompression/decompresser.py
cisipy/decompression/decompressor.py
cisipy/preprocessing/__init__.py
cisipy/preprocessing/apply_channel_thresholds.py
cisipy/preprocessing/calculate_and_apply_flat_field_correction.py
cisipy/preprocessing/create_tissue_channel_list.py
cisipy/preprocessing/find_cell_neighbors.py
cisipy/preprocessing/imagej_stitching.py
cisipy/preprocessing/merge_all_gene_images.py
cisipy/preprocessing/nd2_utils.py
cisipy/preprocessing/parse_and_z_project.py
cisipy/preprocessing/parse_and_z_project_nd2.py
cisipy/preprocessing/register.py
cisipy/preprocessing/register_and_tile_images.py
cisipy/preprocessing/script_machine.py
cisipy/preprocessing/segment.cppipe
cisipy/preprocessing/segmentation_sparse_matrix.py
cisipy/preprocessing/segmented_integrated_intensity.py
cisipy/preprocessing/segmenter.py
cisipy/preprocessing/spotfinder.py
cisipy/preprocessing/starfish_test.py
cisipy/preprocessing/stitch_from_coords.py
cisipy/preprocessing/stitch_from_fiji_coords.py
cisipy/preprocessing/stitcher.py
cisipy/preprocessing/subtract_background.py
cisipy/preprocessing/util.py
cisipy/preprocessing/write_tfrecords.py