{% from "/macros/data_analysis/qc_metrics/qc_metrics.html" import qc_metrics %}

{% macro nallo_qc_metrics(samples) %}
  {% set
    metrics = [
      {"name": "Läspar [M]",            "key": "million_read_pairs",   "description": "Antal sekvenseringsläsningar i miljoner läspar."},
      {"name": "Medelsekvenslängd",     "key": "avg_sequence_length",           "description": "Medelvärdet av längden av sekvenseringsläsningar."},
      {"name": "Medelsekvensdjup",      "key": "mean_target_coverage", "description": "Medelvärdet av täckningsgraden i baser över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys."},
      {"name": "Täckningsgrad 10x [%]", "key": "pct_10x",              "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (10x) över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys. Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."},
    ]
  %}
  <!-- Quality control metrics -->
  {{ qc_metrics(samples=samples, metrics=metrics) }}
{% endmacro %}
