INSTALL.md
LICENSE
MANIFEST.in
README.md
pyproject.toml
setup.cfg
setup.py
tox.ini
src/catas/__init__.py
src/catas/__main__.py
src/catas/cli.py
src/catas/count.py
src/catas/dbcan.py
src/catas/exitcodes.py
src/catas/external.py
src/catas/main.py
src/catas/matrix.py
src/catas/model.py
src/catas/parsers.py
src/catas/sanitise.py
src/catas/utils.py
src/catas/data/__init__.py
src/catas/data/hmmscan-parser.sh
src/catas/data/model_v10_20211001.npz
src/catas/data/model_v4_20200114.npz
src/catas/data/model_v4_20211001.npz
src/catas/data/model_v5_20200114.npz
src/catas/data/model_v5_20211001.npz
src/catas/data/model_v6_20200114.npz
src/catas/data/model_v6_20211001.npz
src/catas/data/model_v7_20200114.npz
src/catas/data/model_v7_20211001.npz
src/catas/data/model_v8_20200114.npz
src/catas/data/model_v8_20211001.npz
src/catas/data/model_v9_20211001.npz
src/catas/data/nomenclatures.json
src/catas/data/test_data.fasta
src/catas/data/test_v10/__init__.py
src/catas/data/test_v10/counts.tsv
src/catas/data/test_v10/hmmer_dbcan.tsv
src/catas/data/test_v10/hmmer_domtab.tsv
src/catas/data/test_v10/hmmer_text.txt
src/catas/data/test_v10/pca.tsv
src/catas/data/test_v10/rcd.tsv
src/catas/data/test_v4/__init__.py
src/catas/data/test_v4/counts.tsv
src/catas/data/test_v4/hmmer_dbcan.tsv
src/catas/data/test_v4/hmmer_domtab.tsv
src/catas/data/test_v4/hmmer_text.txt
src/catas/data/test_v4/pca.tsv
src/catas/data/test_v4/rcd.tsv
src/catas/data/test_v5/__init__.py
src/catas/data/test_v5/counts.tsv
src/catas/data/test_v5/hmmer_dbcan.tsv
src/catas/data/test_v5/hmmer_domtab.tsv
src/catas/data/test_v5/hmmer_text.txt
src/catas/data/test_v5/pca.tsv
src/catas/data/test_v5/rcd.tsv
src/catas/data/test_v6/__init__.py
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src/catas/data/test_v7/__init__.py
src/catas/data/test_v7/counts.tsv
src/catas/data/test_v7/hmmer_dbcan.tsv
src/catas/data/test_v7/hmmer_domtab.tsv
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src/catas/data/test_v7/pca.tsv
src/catas/data/test_v7/rcd.tsv
src/catas/data/test_v8/__init__.py
src/catas/data/test_v8/counts.tsv
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src/catas/data/test_v9/__init__.py
src/catas/data/test_v9/counts.tsv
src/catas/data/test_v9/hmmer_dbcan.tsv
src/catas/data/test_v9/hmmer_domtab.tsv
src/catas/data/test_v9/hmmer_text.txt
src/catas/data/test_v9/pca.tsv
src/catas/data/test_v9/rcd.tsv
src/catas/gentest/__init__.py
src/catas/gentest/__main__.py
src/catas/gentest/cli.py
src/catas/gentest/main.py
src/catas/pipeline/__init__.py
src/catas/pipeline/__main__.py
src/catas/pipeline/cli.py
src/catas/pipeline/main.py
src/catas/train/__init__.py
src/catas/train/__main__.py
src/catas/train/cli.py
src/catas/train/main.py
src/catastrophy.egg-info/PKG-INFO
src/catastrophy.egg-info/SOURCES.txt
src/catastrophy.egg-info/dependency_links.txt
src/catastrophy.egg-info/entry_points.txt
src/catastrophy.egg-info/requires.txt
src/catastrophy.egg-info/top_level.txt
test/test_counts.py
test/test_parsers.py
test/test_predict.py