LICENSE
MANIFEST.in
README.md
pyproject.toml
Bvalcalc/__init__.py
Bvalcalc/__main__.py
Bvalcalc/cli.py
Bvalcalc/core/__init__.py
Bvalcalc/core/calculateB.py
Bvalcalc/core/chromBcalc.py
Bvalcalc/core/geneBcalc.py
Bvalcalc/core/genomeBcalc.py
Bvalcalc/core/plotB.py
Bvalcalc/core/plotChromB.py
Bvalcalc/core/positionsBstats.py
Bvalcalc/core/regionBcalc.py
Bvalcalc/core/siteBcalc.py
Bvalcalc/core/deprecated/Bcalc_stdOut.py
Bvalcalc/core/deprecated/calculate_B_analytically_Eq3_mine_demography.py
Bvalcalc/core/deprecated/findFlankLen.py
Bvalcalc/core/deprecated/old_calculateB.py
Bvalcalc/core/deprecated/plotB_figures.py
Bvalcalc/core/deprecated/plotB_figures_200kb.py
Bvalcalc/core/helpers/__init__.py
Bvalcalc/core/helpers/calc_B_from_chunks.py
Bvalcalc/core/helpers/calc_B_in_genes.py
Bvalcalc/core/helpers/calc_B_in_hri_region.py
Bvalcalc/core/helpers/calc_B_precise_noninterfering.py
Bvalcalc/core/helpers/calc_L_per_chunk.py
Bvalcalc/core/helpers/calc_R_len_dist.py
Bvalcalc/core/helpers/demography_helpers.py
Bvalcalc/core/helpers/extend_hri_regions_correction.py
Bvalcalc/core/helpers/process_single_chunk.py
Bvalcalc/data/README.md
Bvalcalc/data/cds_noX.bed
Bvalcalc/data/dmel_comeron_recmap.csv
Bvalcalc/templates/AraTha_Cds_Params.py
Bvalcalc/templates/AraTha_Phastcons_Params.py
Bvalcalc/templates/DroMel_Cds_Params.py
Bvalcalc/templates/DroMel_Phastcons_Params.py
Bvalcalc/templates/DroMel_Utr_Params.py
Bvalcalc/templates/HomSap_Cds_Params.py
Bvalcalc/templates/SelfingParams.py
Bvalcalc/templates/deprecated/CelegansParams.py
Bvalcalc/templates/deprecated/DrosophilaParams.py
Bvalcalc/templates/deprecated/MouseParams.py
Bvalcalc/templates/deprecated/PfalciparumParams.py
Bvalcalc/utils/__init__.py
Bvalcalc/utils/bin_outputs.py
Bvalcalc/utils/dfe_helper.py
Bvalcalc/utils/generateParams.py
Bvalcalc/utils/load_Bmap.py
Bvalcalc/utils/load_bed_gff.py
Bvalcalc/utils/load_chr_sizes.py
Bvalcalc/utils/load_rec_map.py
Bvalcalc/utils/load_vcf.py
Bvalcalc/utils/parseArgs.py
Bvalcalc/utils/sample_data.py
Bvalcalc/utils/write_chrom_B_to_file.py
bvalcalc.egg-info/PKG-INFO
bvalcalc.egg-info/SOURCES.txt
bvalcalc.egg-info/dependency_links.txt
bvalcalc.egg-info/entry_points.txt
bvalcalc.egg-info/requires.txt
bvalcalc.egg-info/top_level.txt
tests/test_calculateB.py
tests/test_cli.py