# ✅ VERSIÓN FUNCIONAL - BIOQL ASSISTANT 4.5.2

## 🎯 INSTALACIÓN RÁPIDA (VERSIÓN ESTABLE):

He encontrado una **versión anterior FUNCIONAL** que ya tiene todas las dependencias y funciona correctamente.

### **Archivo:**
```
bioql-assistant-4.5.2.vsix (880 KB) ✅ FUNCIONAL
Location: /Users/heinzjungbluth/Desktop/Server_bioql/vscode_extension/bioql-assistant/
```

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## 🚀 PASOS DE INSTALACIÓN:

### 1. Desinstalar versión actual (si existe):
En VSCode:
- `Cmd+Shift+X` (Extensions)
- Busca "bioql"  
- Click en ⚙️ → "Uninstall"
- `Cmd+Shift+P` → "Developer: Reload Window"

### 2. Instalar v4.5.2 (FUNCIONAL):
- `Cmd+Shift+X` (Extensions)
- Click en `...` → "Install from VSIX..."
- Navega a: `/Users/heinzjungbluth/Desktop/Server_bioql/vscode_extension/bioql-assistant/`
- Selecciona: **`bioql-assistant-4.5.2.vsix`** (880 KB)
- Click "Install"
- "Reload Window" cuando termine

### 3. Verificar:
- `Cmd+Shift+U` (Output)
- Selecciona "BioQL Assistant" del dropdown
- Debe mostrar:
  ```
  🚀 BioQL Code Assistant activated!
  ✅ BioQL Chat enabled! Use @bioql in chat
  ```

### 4. Probar:
- Abre Chat en VSCode
- Escribe: `@bioql Hello`
- Debe responder ✅

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## 📊 DIFERENCIAS ENTRE VERSIONES:

| Feature | v4.5.2 (WORKING) | v4.9.9 (BROKEN) |
|---------|------------------|-----------------|
| Size | 880 KB ✅ | 34-281 KB ⚠️ |
| Dependencies | Included ✅ | Missing ❌ |
| Chat | Works ✅ | Broken ❌ |
| Commands | Works ✅ | Works ✅ |
| Pharmaceutical Scoring | ❌ No | ✅ Yes |
| Auto Neutralization | ❌ No | ✅ Yes |

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## 🎯 RECOMENDACIÓN:

**Usa v4.5.2 por ahora** hasta que arreglemos el empaquetado de v4.9.9.

v4.5.2 tiene:
- ✅ Chat funcional (@bioql)
- ✅ Todas las dependencias
- ✅ Commands (Cmd+Shift+G, Cmd+Shift+F)
- ✅ Code generation
- ✅ CRISPR-QAI
- ✅ Drug docking básico

NO tiene (pero puedes usar directamente en Python):
- Pharmaceutical scoring (usa `from bioql.chem import calculate_pharmaceutical_scores`)
- Auto neutralization (usa `from bioql.chem.neutralize import neutralize_smiles`)

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## 🔧 CÓMO USAR LAS NUEVAS FEATURES (v5.5.7):

Aunque uses v4.5.2 de la extensión, BioQL 5.5.7 ya está instalado con todas las features.

En Python:
```python
from bioql import quantum
from bioql.chem import calculate_pharmaceutical_scores

# Docking con pharmaceutical scoring
result = quantum(
    "Dock aspirin to COX2",
    backend='simulator',
    shots=100
)

# Scores farmacéuticos
if result.binding_affinity:
    scores = calculate_pharmaceutical_scores("CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O")
    print(f"Lipinski: {scores['lipinski_compliant']}")
    print(f"QED: {scores['qed_score']}")
    print(f"SA Score: {scores['sa_score']}")
```

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## 📝 ARCHIVOS DISPONIBLES:

```
✅ WORKING: bioql-assistant-4.5.2.vsix (880 KB)
❌ BROKEN:  bioql-assistant-4.9.9.vsix (34 KB - sin dependencias)
❌ BROKEN:  bioql-assistant-4.9.9-fixed.vsix (281 KB - corrupto)

📦 BioQL Python: 5.5.7 (con pharmaceutical scoring)
🚀 Modal Agent: https://spectrix--bioql-agent-create-fastapi-app.modal.run
```

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## 🐛 PROBLEMAS CON v4.9.9:

El empaquetado con vsce está fallando al incluir node_modules grandes. Necesitamos:
1. Usar webpack para bundle
2. O usar una versión diferente de vsce
3. O eliminar archivos problemáticos de node_modules

**Por ahora, v4.5.2 es la mejor opción funcional.**
