.gitignore
LICENSE
README.md
config.yaml
example_config.yaml
pyproject.toml
setup.cfg
.github/workflows/publish.yml
assets/bento.svg
bento_sc/__init__.py
bento_sc/baselines.py
bento_sc/data.py
bento_sc/loss.py
bento_sc/models.py
bento_sc/pretrain.py
bento_sc.egg-info/PKG-INFO
bento_sc.egg-info/SOURCES.txt
bento_sc.egg-info/dependency_links.txt
bento_sc.egg-info/requires.txt
bento_sc.egg-info/top_level.txt
bento_sc/tasks/batch_corr.py
bento_sc/tasks/celltype_id.py
bento_sc/tasks/grn_inference.py
bento_sc/tasks/post_perturb.py
bento_sc/tasks/prot_conc_pred.py
bento_sc/tasks/upscaling.py
bento_sc/utils/__init__.py
bento_sc/utils/config.py
bento_sc/utils/get_dataset.py
bento_sc/utils/metrics.py
bento_sc/utils/data/__init__.py
bento_sc/utils/data/allTFs_hg38.txt
bento_sc/utils/data/bins.txt
bento_sc/utils/data/cxg_filter.npz
bento_sc/utils/data/cxg_grn_test_subset.npy
bento_sc/utils/data/cxg_grn_val_subset.npy
bento_sc/utils/data/cxg_upsc_test_subset.npy
bento_sc/utils/data/cxg_upsc_val_subset.npy
bento_sc/utils/data/gene_set_perturb.txt
bento_sc/utils/data/generate_binning.py
bento_sc/utils/data/hvg_calc.py
bento_sc/utils/data/hvg_cellxgene.npy
bento_sc/utils/data/hvg_circimm.npy
bento_sc/utils/data/hvg_citeseq.npy
bento_sc/utils/data/hvg_embryoniclimb.npy
bento_sc/utils/data/hvg_greatapes.npy
bento_sc/utils/data/motifs-v10nr_clust-nr.hgnc-m0.001-o0.0.tbl
bento_sc/utils/data/split_pert.npz