LICENSE
README.md
pyproject.toml
atg/__init__.py
atg/__main__.py
atg/app.py
atg/utils.py
atg/div/__init__.py
atg/div/alpha.py
atg/div/app.py
atg/div/beta.py
atg/lefse/__init__.py
atg/lefse/app.py
atg/lefse/format.py
atg/lefse/format_simplified.py
atg/lefse/lefse.py
atg/lefse/lefse_simplified.py
atg/lefse/plot.py
atg/lefse/plot_simplified.py
atg/lefse/transform_data.py
atg/parser/__init__.py
atg/parser/app.py
atg/parser/calculate_genome_score.py
atg/parser/concat_checkm_results.py
atg/parser/filter_gtdbtk.py
atg/parser/filter_phylophlan.py
atg/parser/kraken.py
atg/parser/making_batch_checkm.py
atg/parser/merge_prokka_genes_results.py
atg/parser/msamtools_stats.py
atg/parser/parse_score_checkm_coverm_results.py
atg/parser/predicted_genes_prokka_out_subset.py
atg/parser/process_annotation_results.py
atg/plots/__init__.py
atg/plots/app.py
atg/plots/upset.py
atg/plots/venn.py
atg/plots/volcano.py
atg/tools/__init__.py
atg/tools/app.py
atg/tools/ena.py
atg/tools/git.py
atg/tools/manifest.py
atg/tools/sample.py
atgtools.egg-info/PKG-INFO
atgtools.egg-info/SOURCES.txt
atgtools.egg-info/dependency_links.txt
atgtools.egg-info/requires.txt
atgtools.egg-info/top_level.txt
docs/scripts/configuration-table.py
docs/scripts/generate-termynal.py
tests/__init__.py
tests/conftest.py
tests/test_alpha.py
tests/test_beta.py
tests/test_ena.py
tests/test_gitcheck.py
tests/test_manifest.py
tests/test_sampe.py