import subprocess
import os

def stage_one(options):

    _path = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
    _stage_one = os.path.join(_path, 'argoap_pipeline_stageone_version2.3')

    if options.z:
        subprocess.call(
            [_stage_one, '-i', options.i, 
            '-o', options.o,
            '-m', options.m,
            '-n', str(options.n),
            '-f', options.f,
            '-q', str(options.q),
            '-x', str(options.x),
            '-y', str(options.y),
            '-v', str(options.v),
            '-z'])
    else:
        subprocess.call(
            [_stage_one, '-i', options.i, 
            '-o', options.o,
            '-m', options.m,
            '-n', str(options.n),
            '-f', options.f,
            '-q', str(options.q),
            '-x', str(options.x),
            '-y', str(options.y),
            '-v', str(options.v)
            ])
       