README.md
setup.py
allcopol/__init__.py
allcopol/align_clusters.py
allcopol/allcopol.py
allcopol/create_indfile.py
allcopol/relabel_trees.py
allcopol.egg-info/PKG-INFO
allcopol.egg-info/SOURCES.txt
allcopol.egg-info/dependency_links.txt
allcopol.egg-info/entry_points.txt
allcopol.egg-info/not-zip-safe
allcopol.egg-info/requires.txt
allcopol.egg-info/top_level.txt
allcopol/utils/__init__.py
allcopol/utils/optimization.py
allcopol/utils/phylonet.py
allcopol/utils/utils.py